上一季我们提到麦克伦和他的队友们被逼向世界公开他们旅行者的身份，现在让我们看一看他们的故事会怎样的继续下去。
由于麦克伦和他的队友们公开了他们的身份，现在他们和他们在上一季被囚禁的亲友在联邦调查局的安全屋里被保护着。但是麦克伦担心联邦调查局的介入和他们亲友经历的绑架将会严重的影响他们以后的任务。联邦调查局派遣耶茨（Yates）和麦克伦他们紧密合作，并且需要麦克伦向联邦调查局说明他们旅行者们活动的详情。
虽然联邦调查局没有把他们旅行者们的信息透露出去，但是还是有些知道了这个事情。其中里有一位电视主持人报道了旅行者们的故事并且还在节目上持续散播煽动性言论。由于这个行径很大可能会暴露他们旅行者们的存在，所以这名电视主持人就被新的旅行者覆盖了，并在镜头前道歉说不应该报道不实的言论。
这时Director已经能从21世纪的人工智能艾尔莎（Ilsa）和旅行者们沟通，但是艾尔莎的发明者为了不让它被外面的信息破坏它的人工智能的发展，所以艾尔莎是不能联上互联网的。
麦克伦的团队在一个任务中遇到了很严重的难题，格雷斯为了帮助他们就破例得帮艾尔莎联上了互联网。就这样艾尔莎不止帮助麦克伦完成了任务，并且还帮他们找到了旅行者001。
Fraction（反Director派系）也越来越活跃。他们绑架了旅行者们的历史学家并且想透过他们得到未来的信息。他们成功找到了历史学家们收集资料的黑匣子。过程中无辜的戴维被牵扯在内，过后还被抛弃在黑匣子里。
Fraction计划破坏所有历史学家的黑匣子的所有档案，所以世界各地的黑匣子设置了核弹。但是这时无辜的戴维还是被关在其中一个里面。虽然最后戴维在麦克伦团队的帮助下成功拆卸了核弹，但是自己还是过度暴露在辐射下最后死去。在死亡前一刻戴维传达了The Director最后的信息 – Protocol Omega。
Protocol Omega的启动就意味着旅行者计划已完全成功或者完全失败，The Director也不会再干预这时间线。麦克伦他们心里非常清楚计划是已经完全失败了，耶茨也质问着麦克伦他们的到来并没有减缓世界末日的来临反而还加速了这个过程。
麦克伦决定使用旅行者001建的意识传输器回到2001年发了一封电子邮件给Director – 旅行者计划将会失败，请务必不要传输001。在我们看起来麦克伦阻止了后面所有会因为旅行者计划导致的事故。或许这样危机反而解决了？
这时可怕的事情让我们都惊讶了，Director写到 – 旅行者计划第一版本确认失败，正式启动旅行者计划第二版本。说明了他们的故事可能还会继续的轮回下去。。。
